Kräftiger Wind kann für eine Zwangspause sorgen: „Fehmarnsundbrücke für Pkw mit Anhänger und leere Lkw gesperrt!“ – Die meisten Autofahrer werden diese Meldung schon einmal im Verkehrsfunk gehört haben, wenn sie im Norden unterwegs waren. Durch die Länge der Brücke und die flache Umgebung hat der Wind freie Bahn, bei Starkwind und Sturm eine Gefahr für Fahrzeuge.
Eine Wetterstation auf der Insel Fehmarn misst Windstärke und -richtung. Bei seitlichen Winden mit einer Stärke ab etwa acht Beaufort (ab ca. 17 Meter pro Sekunde) wird die Fehmarnsundbrücke für Pkw mit Anhänger und leere Lkw gesperrt, bei Sturm erfolgt eine Vollsperrung.
Entsprechende Verkehrszeichen weisen auf die Teil- bzw. Vollsperrung hin. Die Fahrer müssen mit ihren Fahrzeugen auf speziellen Auffangparkplätzen zu beiden Seiten der Brücke warten, bis sich der Wind gelegt hat und die Brücke wieder freigegeben wird.